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農業基因組學是當代農業科技創新的核心引擎,也是帶動我國農業高速發展的“復興號列車”。

近日,曙光攜手中國農業科學院(深圳)農業基因組研究所(以下簡稱“基因組所”),助力搭建基因數大數據計算平臺存儲項目。其中,利用生物組學大數據推動生物育種變革,打造了貫穿“種質資源收集-基因組測序與分析-功能基因挖掘-分子設計育種-品種推廣”全產業的創新鏈條。

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用信息技術打通產業創新鏈條

基因組所是國內唯一一家專門從事農業基因組學研究的國家級研究所,主要從事農業基因組學、農業動植物分子育種等領域的科學研究,致力于推動生命科學前沿學科與農業、食品與健康、生態與環境等三大領域的交叉融合,加速生命前沿技術在農業和社會經濟發展中的應用。

如今,生物信息學正扮演著越來越重要的角色,在信息時代給基因組學巨大的推動力。基因組學領域產生了海量數據,如何通過農業生物信息學與計算科學挖掘出更大價值,成為基因組所業務發展的關鍵環節。

該大數據計算平臺計算能力400Tflops, 存儲能力10PB,計算分區和存儲分區網絡采用100Gb/s Infiniband EDR高速互聯,高速互聯網絡的搭建為存儲提供高達80Gb/s的聚合帶寬,為實現生物大數據的深度挖掘奠定基礎。其中存儲資源分區采用曙光ParaStor分布式存儲系統,可以為基因數據庫等提供海量存儲空間。

通過高效、安全的基因數據庫,可有效利用基因組學、蛋白組學、代謝組學等技術手段,實現高品質精準功能育種;重點突破人類基因組學、營養代謝組學等生物組學技術難題,創制營養靶向設計、健康個性訂制的新型營養健康食品。

為“生物信息”提供高可靠平臺

隨著多組學數據額激增,數據挖掘的難度不斷加大。作為底層的存儲系統,既要滿足海量基因數據激增帶來的擴展性需求,又要滿足帶寬及IOPS需求。

中科曙光憑借多年在生物基因領域積累的經驗,打造了完善的生物基因行業云存儲解決方案。通過Scale-Out橫向擴展、IB+RDMA高速互聯、內核態POSIX協議、智能SSD Cache及小文件聚合等技術,消除傳統的Scale-up縱向擴展存儲架構的性能局限性,解決生物基因應用中對海量大文件存儲場景高聚合帶寬、小文件存儲場景高IOPS的存儲需求。

其次,基因研究產生的數據正以每12-18個月10倍的速度快速增長,曙光ParaStor分布式存儲系統可通過性能與容量的線性增長,滿足存儲系統對數據處理能力和擴展性的要求,并通過多種技術手段,從物理底層到邏輯層全方位保證存儲系統高可靠性和高可用性,滿足前端多種基因測序軟件、多種業務應用的存儲對接需求。

基因組、蛋白組、代謝組等生物組學、基因編輯、合成生物學等一系列學科發展和技術創新,推動著農業生物技術以前所未有的速度向前發展。曙光不斷將最先進的信息技術與生物信息學進行融合。將自身的存儲產品與第二代基因測序和三代測序、主流應用軟件長期對接測試與優化是曙光扎根于該領域的基礎。對于生物信息復雜應用軟件的完美適配以及均衡穩定的性能表現,讓曙光在生物基因領域得到了廣泛的認可。


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